Небольшой обзор зарубежного опыта.
Бельгия
Делится на 3 региона, два из которых (Фламандский и Валлонский) делятся на 5 провинций каждый, и центральный столичный регион.
Центральный регион - Брюссельская метрополия, делится на 19 муниципалитетов по 30-150 тыс человек (суммарно 1200).

То есть город Брюссель с приросшими к нему пригородами состоит из 19 муниций, в каждой из которых есть свой мэр. Все они подчиняются министр-президенту региона. Это вариант, о котором я писал вначале как об оптимальном, и который откинули как нежизнеспособный.
Один город = один муниципалитет?
Дания
Провели реформу в 2007, то есть свежачок. Страна делится на 5 регионов, которые делятся на 98 муниций (по ихнему коммун). У них муниция, где сидит администрация региона, не совпадает с крупнейшим городом этого региона.
Как и в Бельгии, есть столичный регион, население 1730 тыс.

Собственно, это метрополия Копенгагена. Он делится на 29 муниций, самая большая - муниция Коппенгаген, население 600 тыщ. То есть это что-то вроде City of Copenhagen внутри непосредственно Коппенгагена, аналогично муниции City of Brussels населением 150 тыс. внутри Брюсселя. То есть, тоже большой город разделен на муниции, и все работает.
Швеция
Страна разделена на 21 лен (округ), которые поделены на 290 коммун (муниций). Крупнейший лен - столичный Стокгольмский округ, охватывающий всю столичную метрополию, около 2 млн. человек, состоящий из 26 муниций.

Крупнейшая муниция в этом лене - коммуна Стокгольм, примерно соответствующая центральной части города (Innerstaden или Stockholm City Centre) с населением 837 тыс. Вообще, то что можно назвать городом Стокгольмом, состоит из 11 муниций (по площади это городская среда чуть больше Минска - 380 vs 350 км2, в то время как весь округ - 6500, что в два раза больше нашей Минской округи) с населением 1200 тыс. Опять же, никто не требует особых столичных полномочий или отдельной округи, как я понимаю, подчиняются окружной власти, система работает. Похожая ситуация в округе, где расположены Гетенбург.
ЧехияДеление края-дистрикты-муниции с отдельным статусом Праги. Столица заперта административно в своей черте - даже наплевали на то, что сразу за ее пределами город все еще продолжается - дистрикты окружающего Прагу края так и называются - Прага-Запад и Прага-Восток, и разбиты на массу разновеликих муниций (там они ближе, видимо, к староствам). Пример (Прага-Восток):
СловакияТут тоже деление на 8 краев, которые делятся на дистрикты, которые уже состоят из муниций (как в Чехии). Братиславский край состоит из 8 дистриктов, 5 из которых - Братислава. Естественно, почти все население края сосредоточено в Братиславе, как и в наших городских округах, тем не менее, у мэра Братиславы есть начальство в виде жупана (гетмана) Братиславского края.
ИталияДеление регионы - провинции - коммуны. Чтобы не вдаваться в подробности, самая большая провинция в регионе Лацио - это Римская провинция, но она вовсе не равна своему муниципалитету.

Внутри есть муниция Рим, 2.7 млн, а вокруг накидано еще 120 муниций (коммун) от нескольких сотен и вплоть до 80 тыс. человек. Опять же, никто не догадался скормить эти коммуны Риму.
Метнемся за Океан.
КанадаКратко - есть тоже такой Центральный Регион Канады. Так вот, в него вместе с тяжеловесной столицей Оттава (одна муниция) входит гораздо меньший город Гатино (еще одна) и несколько десятков мелких муниций.
Такие дела. Так что не все так однозначно и с один город - один муниципалитет, и с балансом внутри административных единиц, и в вопросах субординации. Нужно бороться со стереотипами и опираться в первую очередь на логику. Работает - значит годится.